NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）
#1003611 #1003620 #1003621 #1003622
#1003711 #1003721 #1003722 #1003725 #1003726
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產品特色
- 適用于血液、新鮮組織 gDNA / FFPE DNA / cell-free DNA 樣本
- 樣本起始量低，文庫轉化率高
- 包含 DNA 純化磁珠，并適配優化的片段篩選方案
- 單端接頭（Single Index, SI）和雙端唯一接頭（MGI Unique Dual Index, MDI）可選
建庫應用
應用方向
樣本類型
推薦起始量（片段化后）
全基因組測序
動植物 DNA（無嚴重降解）
50-500 ng
細胞外游離 DNA（無大片段污染）
≥ 1 ng（取決于分析要求）
微生物基因組 DNA
1-500 ng
靶向捕獲測序
gDNA（無嚴重降解）
≥ 50 ng（取決于樣本質量）
FFPE DNA（片段長度 ＞ 500 bp）
≥ 100 ng（取決于樣本質量）
細胞外游離 DNA（無大片段污染）
≥ 1 ng（取決于分析要求）
建庫流程
產品表現
文庫產出穩定高效
圖 1. NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）對不同 gDNA 起始量的文庫產出。A. 分別搭配 NadPrep? Universal Adapter (SI) Module 和 NadPrep? Universal Adapter (MDI) Module gDNA 文庫的產出穩定；B-C. 搭配 SI 和 MDI 接頭模塊時的 gDNA 文庫片段分布示例（Agilent 2100 Bioanalyzer）。
文庫覆蓋均一
圖2. NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）全基因組文庫的 GC 偏好。A. 金黃色葡萄球菌（GC% = 33)，B. 腸沙門氏菌（GC% = 52）及 C. 綠膿桿菌（GC% = 67）等不同 GC 含量的基因組，以 10 ng DNA 為起始量所制備文庫。橫坐標為 100 bp 區域的 GC 含量，柱狀圖顯示 GC 含量的分布，曲線代表不同 GC 含量 100 bp 區域均一化后的平均覆蓋深度。
圖3. NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）宏基因組樣本建庫表現。微生物群組 DNA 標準品 (Zymo Research, D6306）以 10 ng 起始量按標準流程建庫，NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）顯示出了較小的偏好性。
高文庫一致性
圖 4. NadPrep? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for MGI）搭配不同 panel 捕獲示例。Input 為總 RNA 經 NadPrep? Total RNA-To-DNA Module（for MGI）轉換的 DNA 建庫，搭配納昂達其它捕獲試劑時的一致性分析。構建文庫經不同大小 panel 單次捕獲和二次捕獲的整體表現未見明顯差異。A. ~ 150 kb CDS Region Panel 捕獲測序結果；B. ~ 1.6 Mb CDS Region Panel 捕獲測序結果。
通用建庫模塊
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1002211(24 rxn) |
包裝體積 1002212 (96 rxn) |
| Box1 |
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EndRepair & A-Tailing Buffer | 180 μL | 690 μL |
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End Repair & A-Tailing Enzyme | 120 μL | 460μL | |
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Ligation Buffer | 750 μL | 2×1500 μL | |
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DNA Ligase | 60 μL | 230 μL | |
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2X HiFi PCR Master Mix | 720 μL | 2×1600 μL | |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI) | 20 μL | 75 μL | |
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NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI) | 20 μL | 75 μL | |
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/ |
Nuclease Free Water | 2.5 mL | 8 mL | |
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TE Solution | 1 mL | 4 mL | |
| Box2 |
/ |
NadPrep SP Beads | 4 mL | 15 mL |
單端接頭模塊
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003611 (24 rxn) |
包裝體積 1003621 (96 rxn) |
包裝體積 1003622(96 rxn) |
|
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NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
|
|
NadPrep M-Adapter (SI) | 60 μL | 230 μL | 230 μL |
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003620 (480 rxn) |
| Box1 |
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NadPrep M-Index (SI) Primer Mix # | 96×30 μL |
| Box2 |
|
NadPrep M-Adapter (SI) | 1100 μL |
雙端唯一接頭模塊
| 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003711 (24 rxn) |
包裝體積 1003721 (96 rxn) |
包裝體積 1003722(96 rxn) |
包裝體積 1003725 (96 rxn) |
包裝體積 1003726 (96 rxn) |
|
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 12×15 μL | 24×25 μL | 24×25 μL | 24×25 μL | 24×25 μL |
|
|
NadPrep M-Adapter (DI) | 60 μL | 230 μL | 230 μL | 230 μL | 230 μL |
| 包裝編號 | 管蓋顏色 | 組分名稱 |
包裝體積 1003731 (480 rxn) |
包裝體積 1003732 (480 rxn) |
包裝體積 1003733 (480 rxn) |
包裝體積 1003734 (480 rxn) |
| Box1 |
|
NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix # | 96×30 μL | 96×30 μL | 96×30 μL | 96×30 μL |
| Box2 |
|
NadPrep M-Adapter (DI) | 1100 μL | 1100 μL | 1100 μL |
1100 μL |
NadPrep?DNA 通用型文庫構建試劑盒兼容多種類型樣本的文庫構建，包括全血 gDNA、FFPE、血漿 cfDNA 等。對于復雜樣本的處理（如FFPE組織樣本），推薦從源質控。樣本應選取合適的提取試劑盒，并進行相應的定量及片段質檢，建議如下：
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類別 |
要求 |
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|---|---|---|
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提取試劑盒推薦 |
常規gDNA |
血液/細胞/組織基因組DNA提取試劑盒（天根；貨號：DP304） |
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cfDNA |
QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；貨號：55114） |
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FFPE組織gDNA |
QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen；貨號：56404） |
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溶劑 |
推薦使用無核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取試劑盒配備的Buffer溶解DNA樣品。酶切片段化試劑多對EDTA濃度敏感，應避免使用含EDTA的溶劑溶解。如有必要可進行1.8-2.0 ×磁珠純化去除。 |
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定量 |
基于分光光度計原理的NanoDrop和基于雙鏈DNA熒光染料的Qubit?、PicoGreen?進行定量。 |
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純度 |
OD260/OD280=1.8-2.0；OD260/OD230=2.0-2.5。OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白質、酚等污染；OD260/OD230<2.0，則表明有碳水化合物、鹽類或者有機溶劑污染。 |
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片段分布 |
常規gDNA |
1%的瓊脂糖凝膠電泳時，>15 kb的清晰主帶。 |
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cfDNA |
Bioanalyzer或Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。 |
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FFPE組織gDNA |
1%的瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀，如Agilent 2100進行樣本完整性評估。 |
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接頭比例過高會導致接頭或接頭二聚體殘留；接頭比例若不足則會影響連接效率進而降低文庫產量。接頭使用還應注意保存方式、稀釋方法和稀釋濃度：
? 保存：避免反復凍融，如欲多次使用，應提前分裝；
? 稀釋液：推薦使用試劑盒內TE Solution進行接頭的稀釋，但稀釋液不建議長期保存；
? 稀釋用量：根據樣本起始投入量、片段大小，計算合適的接頭與DNA片段摩爾比，可達最佳產量。
? 不同的接頭類型應用推薦如下表：
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應用 |
推薦NadPrep接頭 |
可選NadPrep接頭 |
|---|---|---|
|
全基因組、宏基因組、液相雜交靶向捕獲測序 |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
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RNA測序 |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
Universal Adapter (SI/DI) Module |
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低頻突變檢測（~1%或以下突變頻率） |
BMI Adapter (SI/DI) Module |
- |
適用于片段化后DNA分布范圍較寬且期望得到穩定的數據產出的情況。但獲得狹窄峰型也會降低文庫豐度，故操作少量樣本時應注意損耗。雙篩分為片段化后雙篩、連接后雙篩兩種。在雙篩的過程中短片段損失更多但分布更集中，而長片段與之相反。由于連接后雙篩時已引入了接頭，因此相對片段化后雙篩損失更少，但峰型相對較寬。此時還應注意：
? 任意形式的雙篩都會帶來 DNA 的損耗，因此擴增循環數需要至少增加 1 個循環；
? 任意形式的雙篩都會帶來原始文庫豐度的損耗，可能會導致測序數據中的重復率的增加；
? 打斷片段的平均大小應接近預期片段大小，以減少樣本損失。
推薦以下操作以提高回收效率：適當增加孵育時間；適當提高磁珠純化倍數（如純化樣本步驟，非片篩）；使用新鮮配制的 80% 乙醇。
針對不同建庫方式及后續應用，推薦的定量方法如下:
? 常規文庫：使用 Qubit 進行定量；
? 應用于多樣本混雜的靶向捕獲測序文庫：為提高數據均一性，可使用qPCR絕對定量的方法進行濃度測定，如：VAHTSTM Library Quantification Kit for MGI，Vazyme，貨號：NQM101-NQ106。
文庫長度分布可通過凝膠電泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系統進行檢測，但應注意不同分析儀器的文庫片段讀數可能會存在一定的偏差。常見的異常文庫片段分布原因如下：
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異常峰型 |
產生原因 |
解決辦法 |
|---|---|---|
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有多個短片段（~50 bp）小峰 |
接頭冗余 |
合適的Input DNA量和接頭使用量；注意加樣及連接條件 |
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有雙峰（額外單個短片段峰） |
過度擴增 |
降低Input DNA量，降低擴增循環數 |
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額外有長片段峰 |
磁珠殘留 |
純化步驟時小心操作，以去除全部磁珠 |
除適配納昂達科技自有靶向捕獲體系外，文庫也適配市面上多種靶向捕獲體系，如 Twsit（Twist Custom Panel）、IDT（IDT xGen? Lockdown? Probes）、Agilent （Agilent SureSelect）、Roche（ Roche? NimbleGen? SeqCap? EZ）、艾吉泰康（TargetSeq?液相探針捕獲技術）等。
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類別 |
產品 |
詳情 |
貨號 |
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建庫模塊 |
NadPrep?? DNA Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn |
24 rxn |
1002211 |
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NadPrep?? DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn |
96 rxn |
1002212 |
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單端接頭模塊 |
NadPrep?? Universal Adapter (SI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn |
SI 1-12 |
1003611 |
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NadPrep?? Universal Adapter (SI) Module Set D1 (for MGI), 480 rxn |
SI 1-96 |
1003620 |
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NadPrep?? Universal Adapter (SI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn |
SI 1-24 |
1003621 |
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NadPrep?? Universal Adapter (SI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn |
SI 25-48 |
1003622 |
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雙端唯一接頭模塊 |
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn |
MDI 1-12 |
1003711 |
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NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn |
MDI 1-24 |
1003721 |
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|
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn |
MDI 25-48 |
1003722 |
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|
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn |
MDI 49-72 |
1003725 |
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NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn |
MDI 73-96 |
1003726 |
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NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set D1 (for MGI), 480 rxn |
MDI 1-96 |
1003731 |
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|
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set D2 (for MGI), 480 rxn |
MDI 97-192 |
1003732 |
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|
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set D3 (for MGI), 480 rxn |
MDI 193-288 |
1003733 |
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|
NadPrep?? Universal Adapter (MDI) Module Set D4 (for MGI), 480 rxn |
MDI 289-384 |
1003734 |
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應用指南
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