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NadPrep?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina??）

NadPrep^?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina^??）

貨號：

#1002101 #1002103
#1003211 #1003212
#1003213 #1003221 #1003227

NadPrep^?? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina^?）是基于 A-T 連接原理，針對 Illumina^??高通量測序平臺開發的雙鏈 DNA 文庫構建試劑盒。該試劑盒操作流程簡單，適用于全基因組測序，同時兼容液相雜交靶向捕獲測序。

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產品特色

適用于血液、新鮮組織 gDNA / FFPE DNA / cfDNA 樣本
樣本起始量低，文庫轉化率高
搭配雙端唯一樣本標簽（Unique Dual Indexes, UDI）接頭，改善 Illumina^??測序平臺的樣本標簽錯配問題
包含 DNA 純化磁珠，并適配優化的片段篩選方案
可搭配雙端分子標簽接頭，助力低頻突變分析

建庫應用

應用方向	樣本類型	推薦起始量（片段化后）
全基因組測序	動植物 DNA（無嚴重降解）	50-500 ng
	細胞外游離 DNA（無大片段污染）	≥ 1 ng（取決于分析要求）
	微生物基因組 DNA	1-500 ng
靶向捕獲測序	gDNA（無嚴重降解）	≥ 50 ng（取決于樣本質量*）
	FFPE DNA（片段長度 > 500 bp）	≥ 100 ng（取決于樣本質量*）
	細胞外游離 DNA（無大片段污染）	≥ 1 ng（取決于分析要求）

*對于 gDNA 與 FFPE DNA，推薦起始量為 DNA 片段化后的定量結果。

建庫流程

網頁端_建庫流程

產品表現

文庫產出穩定高效

網頁端_文庫產出穩定高效

圖1. 搭配不同類型接頭的文庫產出和片段分布。A. NadPrep? DNA Library Prepration Kit (for Illumina?) 分別搭配 NadPrep? Universal Stubby Adapter (UDI) Module 和 NadPrep? UDI Adapter Module (for Illumina?) 的文庫產出；B. 搭配 NadPrep? Universal Stubby Adapter (UDI) Module 的片段分布示例；C. 搭配 NadPrep? UDI Adapter Module (for Illumina?) 的片段分布示例 (Agilent 2100 Bioanalyzer)。
注：樣本為人類女性基因組 DNA (Promega-Female, G1521)。

文庫覆蓋均一

Fig 2- unbias coverage

圖2. NadPrep^?? for Illumina^??全基因組文庫的 GC 偏好。A. 金黃色葡萄球菌（GC% = 33），B. 腸沙門氏菌（GC% = 52）及 C. 綠膿桿菌（GC% = 67）等不同 GC 含量的基因組，以 10 ng DNA 為起始量所制備文庫。橫坐標為 100 bp 區域的 GC 含量，柱狀圖顯示 GC 含量分布，曲線代表不同 GC 含量 100 bp 區域均一化后的平均覆蓋深度。

檢測準確度高

1002212-Illumina-Universal-fig3

圖3. NadPrep^?? for Illumina^??對標準品突變頻率的檢測準確度。以經福爾馬林處理（輕度）的多重位點混合型定量標準品（Horizon Discovery, HD798）測試，變異頻率來自 Vardict 分析結果。

本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。

通用建庫模塊

包裝編號	管蓋顏色	組分名稱	包裝體積 1002101 (24 rxn)	包裝體積 1002103 (96 rxn)
Box1		EndRepair & A-Tailing Buffer	180 μL	690 μL
		End Repair & A-Tailing Enzyme	120 μL	460 μL
		Ligation Buffer	750 μL	2×1500 μL
		DNA Ligase	60 μL	230 μL
		2X HiFi PCR Master Mix	720 μL	2×1600 μL
		NadPrep Amplification Primer Mix II	145 μL	650 μL
	/	Nuclease Free Water	2.5 mL	8 mL
		TE Solution	1 mL	4 mL
Box2	/	NadPrep SP Beads	4 mL	15 mL

通用截短型雙端唯一接頭模塊

包裝顏色	組分名稱	包裝體積 1003240 (24 rxn)	包裝體積 1003241 (96 rxn)	包裝體積 1003242 (96 rxn)
	NadPrep Universal UDI-index Primer Mix #	12×15 μL	24×25 μL	24×25 μL
	NadPrep Universal Stubby Adapter	60 μL	230 μL	230 μL
	NadPrep Amplification Primer Mix II	20 μL	75 μL	75 μL

包裝編號	包裝顏色	組分名稱	包裝體積 1003245 (480 rxn)
Box1		NadPrep Universal UDI-index Primer Mix #	96×30 μL
Box2		NadPrep Universal Stubby Adapter	1100 μL
Box2		NadPrep Amplification Primer Mix II	375 μL

全長型雙端唯一接頭模塊

管蓋顏色	組分名稱	包裝體積 1003211 (24 rxn)	包裝體積 1003222 (24 rxn)	包裝體積 1003211(96 rxn)	包裝體積 1003212(96 rxn)	包裝體積 1003213(192 rxn)	包裝體積 1003224(480 rxn)
	NadPrep UDI Adapter #	12×10 μL	12×10 μL	12×22 μL	12×22 μL	24×22 μL	96×14 μL

試劑盒的適用樣本范圍及具體要求有哪些？

NadPrep?DNA 通用型文庫構建試劑盒兼容多種類型樣本的文庫構建，包括全血 gDNA、FFPE、血漿 cfDNA 等。對于復雜樣本的處理（如 FFPE 組織樣本），推薦從源質控。樣本應選取合適的提取試劑盒，并進行相應的定量及片段質檢，建議如下：

類別	要求
提取試劑盒推薦	常規 gDNA	血液/細胞/組織基因組DNA提取試劑盒（天根；貨號：DP304）
	cfDNA	QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen；貨號：55114）
	FFPE 組織 gDNA	QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen；貨號：56404）
溶劑	推薦使用無核酸酶水、0.1 × TE（low TE）、10 mM Tris-HCl（pH 8.0~8.5）或提取試劑盒配備的 Buffer溶解 DNA 樣品。酶切片段化試劑多對 EDTA 濃度敏感，應避免使用含 EDTA 的溶劑溶解。如有必要可進行1.8-2.0 ×磁珠純化去除。
定量	基于分光光度計原理的 NanoDrop 和基于雙鏈 DNA 熒光染料的Qubit?、PicoGreen?進行定量。
純度	OD260/OD280=1.8~2.0；OD260/OD230=2.0~2.5。OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白質、酚等污染；OD260/OD230<2.0，則表明有碳水化合物、鹽類或者有機溶劑污染。
片段分布	常規 gDNA	1% 的瓊脂糖凝膠電泳時，>15 kb 的清晰主帶。
	cfDNA	Bioanalyzer或 Bioptic（Qsep）分析主峰~160 bp，次峰~320 bp。
	FFPE 組織 gDNA	1% 的瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀，如 Agilent 2100 進行樣本完整性評估。

樣本片段化方式推薦及建議？

試劑盒兼容多種打斷模式。如對時效性和實驗簡潔性有要求，推薦酶切片段化；如對隨機性和均一性有要求，推薦超聲片段化。

NadPrep?目前提供的接頭類型？

納昂達針對Illumina?平臺目前有以下接頭類型可供選擇，用以與NadPrep?DNA建庫模塊搭配，形成完整的 DNA 文庫構建體系。

接頭類型

貨號

說明

推薦應用

NadPrep?UDI Adapter

24 rxn，Index 1-12，1003221

24 rxn，Index 13-24，1003222

480 rxn，Index 289-384，1003227

雙端唯一8 nt index全長接頭；1-384種

全基因組、宏基因組、液相雜交靶向捕獲測序

NadPrep?UMI Adapter

96 rxn，1003431

96 rxn，1003432

480 rxn，1003439

含隨機分子標簽通用短接頭，可搭配雙端唯一8 nt index引物，構建全長文庫；1-384種

低頻突變檢測（~1%或以下突變頻率）

接頭使用注意事項？

接頭比例過高會導致接頭或接頭二聚體殘留；接頭比例若不足則會影響連接效率進而降低文庫產量。接頭使用還應注意保存方式、稀釋方法和稀釋濃度：

? 保存：避免反復凍融，如欲多次使用，應提前分裝；

? 稀釋液：推薦使用試劑盒內TE Solution進行接頭的稀釋，但稀釋液不建議長期保存；

? 稀釋用量：根據樣本起始投入量、片段大小，計算合適的接頭與DNA片段摩爾比，可達最佳產量。具體推薦摩爾比，可參考相關說明書。

? 注意事項：保持連接反應在冰上進行，接頭與連接體系分別加入，避免提前自連。

雙篩適合哪些情況，其損耗及注意事項有哪些？

適用于片段化后 DNA 分布范圍較寬且期望得到穩定的數據產出的情況。但獲得狹窄峰型也會降低文庫豐度，故操作少量樣本時應注意損耗。雙篩分為片段化后雙篩、連接后雙篩兩種。在雙篩的過程中短片段損失更多但分布更集中，而長片段與之相反。由于連接后雙篩時已引入了接頭，因此相對片段化后雙篩損失更少，但峰型相對較寬。此時還應注意：

? 任意形式的雙篩都會帶來 DNA 的損耗，因此擴增循環數需要至少增加 1 個循環；

? 任意形式的雙篩都會帶來原始文庫豐度的損耗，可能會導致測序數據中的重復率的增加；

? 打斷片段的平均大小應接近預期片段大小，以減少樣本損失。

如何提高回收效率?

推薦以下操作以提高回收效率：適當增加孵育時間；適當提高磁珠純化倍數（如純化樣本步驟，非片篩）；使用新鮮配制的 80% 乙醇。

gDNA 建庫是否支持 PCR-Free 文庫構建及其注意事項？

支持。但僅適配于全長型接頭，即 NadPrep^? DNA 通用型文庫構建試劑盒（for Illumina^?）搭配全長 NadPrep^? UDI Adapter 進行文庫構建。

gDNA 文庫構建結果出現峰型異常的原因及解決辦法？

文庫長度分布可通過凝膠電泳、Bioanalyzer或者 Bioptic（Qsep）等生物分析系統進行檢測，但應注意不同分析儀器的文庫片段讀數可能會存在一定的偏差。常見的異常文庫片段分布原因如下：

異常峰型	產生原因	解決辦法
有多個短片段（~50 bp）小峰	接頭冗余	合適的Input DNA量和接頭使用量；注意加樣及連接條件
有雙峰（額外單個短片段峰）	過度擴增	降低Input DNA量，降低擴增循環數
額外有長片段峰	磁珠殘留	純化步驟時小心操作，以去除全部磁珠

吸取部分試劑時，移液器吸頭上有溶液殘留，如何解決？

試劑盒內 Ligation Buffer、 DNA Ligase、End Repair & A-Tailing Enzyme 等試劑較為黏稠，建議上下顛倒或反復輕彈融解混勻。操作過程中使用低吸附吸頭，緩慢平穩吸取與釋放。如吸頭有試劑殘留可反復吹吸或使用反向移液法，務必確保加液的準確性。

類別	產品	詳情	貨號
建庫模塊	NadPrep^?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina^??) G24	24 rxn	1002101
建庫模塊	NadPrep^?? DNA Library Preparation Kit (for Illumina^??) E96	96 rxn	1002103
通用截短型雙端唯一接頭	NadPrep^?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set A1, 24 rxn	Index 1-12, 24 rxn	1003240
	NadPrep^?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B1, 96 rxn	Index 1-24, 96 rxn	1003241
	NadPrep^?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set B2, 96 rxn	Index 25-48, 96 rxn	1003242
	NadPrep^?? Universal Stubby Adapter (UDI) Module Set D1, 480 rxn	Index 1-96, 480 rxn	1003245
全長型雙端唯一接頭模塊	NadPrep^?? UDI Adapter Kit, Set A (for Illumina^??)	Index 1-12， 300 pmol / 接頭	1003211
	NadPrep^??UDI Adapter Kit, Set B (for Illumina^??)	Index 13-24， 300 pmol / 接頭	1003212
	NadPrep^?? UDI Adapter Kit, Set A&B (for Illumina^??)	Index 1-24， 300 pmol / 接頭	1003213
	NadPrep^?? UDI Adapter Kit Set C1 (for Illumina^??)	24 rxn	1003221
	NadPrep^?? UDI Adapter Kit Set D1 (for Illumina^??)	480 rxn	1003224

本產品僅限研究使用，不用于臨床診斷。

產品資料

應用指南

DEMO數據

NadPrep for Illumina__NanoHema_gDNA.1

人基因組DNA（Promega, G1521），以Nanodigmbio NadPrep (for Illumina)系列建庫試劑盒建庫，NanoHema_Research_ Panel v1.0靶向捕獲的測試數據。

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NadPrep for Illumina_NanoID_gDNA.1

人基因組DNA（Promega, G1521），以Nanodigmbio NadPrep (for Illumina)系列建庫試劑盒建庫，NanoID Panel v1.0靶向捕獲的測試數據。

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